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Aunee was first called VegAu, for "Vegan Autarcy" (https://github.com/Iscobia/VegAu). The goal of this program is not to force anyone to go vegan but only to offer a tool to optimize soil use for and WITH (only) vegetal resources. As lots of people see vegan ones as "extremists", I needed to change it's name to avoid people rejecting the project just because of its name. I hope and wish to see a nice community working together make computer science serving life : humanity, but also plants, soils and all animals which suffer because of human chemicals and practices. I am over with coding, don't have time and brain for it any more. But the idea is still clear in my mind and heart, and I would be delighted to co-create this project with competent people. I wish to see Aunée travelling around the world to mutualize data and promote a viable and new, life-friendly agricultural system.master
Sekhamet
2 years ago
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@ -0,0 +1,483 @@
@@ -0,0 +1,483 @@
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==================================================================================================================================================LAST UPDATES (14 mai 2017): |
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LAST UPDATES (24 septembre 2017): |
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* At the beginning of SELECT_CashCrop(x, PRA, data), associating the following lists to list comprehensions : |
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* x.edibleCompanionCrops = [c for c in x.edibleCrops if prodTYP(crop)=='Companion crop'] |
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* x.edibleCoverCrops = [c for c in x.edibleCrops if prodTYP(crop) == 'Companion crop' or prodTYP(crop) == 'Cover crop'] |
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* x.edibleCashCrops = [c for c in x.edibleCrops if prodTYP(crop) != 'Companion crop' and prodTYP(crop) != 'Cover crop'] |
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LAST UPDATES (12 septembre 2017): |
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* input.ods : l'ID des PRA ne correspondait pas à l'ID réel !!! Il semblerait que les données du programmes |
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ne soient pas impactées par cette erreur. Les tableurs sont corrigés. |
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* corrections apportées dans ASSESS_SeedingDate |
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* corrections apportée à ASSESS_Nutrients_CompanionCrop --> continuait d'examiner la période de croissance alors |
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que les nutriments étaient déjà jugés insuffisants ! |
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* correction de x.edibleCrops_init : tel qu'il était écrit, l'orchardgrass était forcément sélectionée si la culture |
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avait un type différent de 1 (arbre) ou 2 (buisson) ! |
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* correction à la dernière ligne de sauvegarde (dietary_results): bog si la culture n'était (naturellement !) pas |
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dans WeeklyResources parce que CC.--> référence = headers_ID, pas crop. |
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LAST UPDATES (11 septembre 2017): |
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* Correction d'un bug --> CN(month) --> CN(crop) |
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* Correction de la fonction de PnD: si l'index maximum est inférieur à 40%, tout l'ensemble de la |
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liste n'est pas supprimé (sinon, x.edibeCrops = []): il reste le maximum. |
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LAST UPDATES (8 septembre 2017): |
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* line 792 : if round(WRmargin_GSmin(crop, month, x, PRA), 2) > 0 |
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instead of if round(WRmargin_GSmin(crop, month, x, PRA), 2) >= 0: |
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==================================================================================================================================================LAST UPDATES (14 mai 2017): |
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LAST UPDATES (7 septembre 2017): |
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* First step : the "maximum_growing_season_duration" is not GSmax(crop) but : |
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GSmax(crop) + abs(seed_from(crop) - seed_to(crop)) |
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It makes sure that the climatic features meet the crops ones even if it has been planted on the latest |
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date and has long growing season. |
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LAST UPDATES (3 septembre 2017): |
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* Functions_step1, ligne 431 : x.edible_Tmin = [] ---> commenté |
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--> VÉRIFIER S'IL N'Y A AUCUNE INCIDENCE ! x.edible_Tmin n'est pas sensé être modifié dans cette fonction... |
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* ASSESS_WaterResources avait disparue... j'ai repris la version de la micro SD (dernière modif du 31 août) |
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* Functions_step2 --> l.1758 : x.decomposition_month[monthInGS][nutrient] = 0 |
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Il manquait le [nutrient] |
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LAST UPDATES (31 août 2017): |
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* mineralizedN : temporary workaround --> mineralizedCPK(crop, month) * CN(crop) |
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-----> Nmin = Cmin / (C/N) |
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LAST UPDATES (18 juillet 2017): |
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* csv table layout (dietary_results : for a better out-programm management) |
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* ignored fruit crops fixed |
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* corrected edibility assessment function for fruit trees (minimum temperature for whole year) |
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* Two entries were lacking in the 'nutrition' database (CABwhite, and CABbokchoi had another ID) |
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==================================================================================================================================================LAST UPDATES (14 mai 2017): |
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LAST UPDATES (7 juillet 2017): |
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* CropRepartitionTEST.csv --> export plus lisible des données de répartition avec: |
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- la PRA |
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- le nombre de cultures éligibles |
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- un "1" dans la colonne de chaque culture éligible |
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LAST UPDATES (5 juillet 2017): |
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* Rectification de x.indexPnD --> une division par 12 de trop, le CABkale avait toujours un PnD de 0 --> rendement nul ! |
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---> suppression des cultures pour lesquelles le risque de pests and diseases mènerait à une réduction du rendement |
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de plus de 70%. |
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ATTENTION !!! Vérifier qu'au moment du calcul, |
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* Erreur dans l'exportation des résultats : le tableau de carto écrasait les résultats ! |
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LAST UPDATES (28 mai 2017): |
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* "Renommage": * PriorityAssessement ---> ASSESS_Priority |
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* nouvelle variables : x.edibleCrops_init pour garder la sélection de x.edibleCrops sans cultures permanentes ni rhubarbe |
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TO DO : * incohérences x.indexWR -> différents indexes pour OLVgreen et OLVmature... pas normal. |
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+ Les indexes sont souvent très bas, à vérifier. (remis en standardisés en attendant) |
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* des oignons partout !!! comment favoriser la diversité encore davantage ?... |
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LAST UPDATES (27 mai 2017): |
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* x.LimitingFactor[PRA] contains now all nutrients that are not sufficient to grow an potentially edible crop. |
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* ASSESS_NutrientsMargin a été simplifiée un brin. |
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* améliorations et erreurs rectifiées dans SELECT_CashCrop |
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* erreur corrigée dans la sauvegarde de 'first_results.py' |
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* erreur corrigée dans "MDL_QTTperPerson" |
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* indexWR faussait l'ajustement du rendement : le calcul de l'index ne prenait pas en compte ETc et en plus |
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il était standardisé après !! |
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* UPDATE_VERIFprodBOT_end_PestsDiseases_in_rotation a été corrigée ! La fonction ne pouvait jamais trouver le |
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x.SelectedCrop dans ses clés ! |
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* ASSESS_Water_ComanionCrop has been drastically simplified by deleting all further index calculation --> |
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using x.indexWR if needed for the selection. |
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TO DO : |
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* faire en sorte que s'il y a une culture permanente dans les edibleCrops qui ne soit pas utilisée dans le pays ou |
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la région, elle soit choisie en début de rotation SI N > 120. |
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---> trop de berries !!! il y en a dans 181 PRA / 714 !! |
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LAST UPDATES (26 mai 2017): |
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* "Renommage": * ASSESS_PRArotation ---> MDL_Rotation |
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* PRAedibilityTest ---------> MDL_EdibilityTest |
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LAST UPDATES (25 mai 2017): |
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* "Renommage": * ASSESS_PRArotation ---> MDL_PRArotation |
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* PRAedibility ---------> MDL_PRAedibility |
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* ASSESS_QTTperPerson --> MDL_QTTperPerson |
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* ASSESS_FoodNutrients -> SUPPRIME et intégré à MDL_QTTperPerson. |
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à terme, "Functions_step3.py" sera supprimé et MDL_QTTperPerson sera |
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intégré à VegAu.py |
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* CCedibility ----------> CCwater (il contient juste les indices des CC pour l'eau) |
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* x.totalYields_year ---> x.totalYields |
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* bug du x.totalYields réglé ! |
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LAST UPDATES (16 mai 2017): |
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* ASSESS_WaterResources a été simplifiée: la moitié de la fonction ne servait à rien ! Plusieur dicts aussi du |
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coup, il est possible qu'il en traine encore quelque part... |
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* Les erreurs de calcul des indices NutrientsMargin ont été corrigées ! Maintenant, il est bien entre 0 et 1 ! |
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* Organisation du module "selfVariables" en classant les différentes variables pour aider à l'écriture du |
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dossier |
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==================================================================================================================================================LAST UPDATES (14 mai 2017): |
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* Ajout de la prise en compte de la répartition à l'échelle nationale dans SELECT_SelectedCrop |
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--> nouvel index généré juste avant la sélection de la culture + nouveau dict 'unusedCrops_countryScale' |
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* modification de l'ajout d'entrées à x.rotat : pour permettre la prise en compte de la dernière culture |
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sélectionnée, celle ci est ajoutée avec la date de récolte la plus éloignée (pour éviter de la rajouter à la |
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fin du script). Ce tuple est modifié avec la bonne date de récolte à la sélection de la culture suivante. |
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LAST UPDATES (13 mai 2017): |
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* x.DelayIndex était parfois nettement négatif : j'avais oublié de %12 x.EndPreviousCrop_later... |
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* dans ASSESS_SeedingDate, delay2 n'était pas utilisé (corrigé !) |
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LAST UPDATES (12 mai 2017): VegAu ANNIVERSARY !!!! -----> VegAu 0.1 ! |
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* VegAu tourne ! Les dernières corrections nécessaires à son fonctionnement pour toutes les PRA ont été apportées. |
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* ajout d'une variable results et d'une sauvegarde à la fin de la fonction ASSESS_PRArotation. |
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LAST UPDATES (10 mai 2017): |
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* ASSESS_Water (step1) a été modifiée pour exclure TOLERflood et éventuellement permettre davantage de "edibleCrops" |
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à la sélection du step1. |
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* AVO (ID de l'avocat) devient 'EXOTavoc' pour permettre la prise en compte de cultures exotiques et d'en faire le tri. |
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/!\ ERREUR ALÉATOIRE SUR LA MOUTARDE BRUNE D'ÉTÉ LORE DU CALCUL D'INDICE DES NUTRIMENTS ---> block try pour l'intercepter |
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en attendant de comprendre d'où ça vient... |
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LAST UPDATES (8 mai 2017): |
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* Un block try...except avec AssertionError et traceback a été créé dans VegAu.py |
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Si je parviens à bien utiliser la boucle while, il pourra être supprimé. |
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* L'erreur de decomposition_month (les dernières entrées étaient remplacées par 0) a été trouvée et résolue. |
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* Fonction ASSESS_Water_CompanionCrop_for_SelectedCrop a été renommée en ASSESS_Water_CompanionCrop |
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Idem pour ASSESS_Nutrients_CompanionCrop --> ASSESS_Nutrients_CompanionCrop |
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* découverte des assertions... Certaines fonctionnent comme je voulais et d'autres pas, je ne comprend pas encore très bien. |
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* OBSERVATIONS : |
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- des valeurs de nutriments rendus au sol sont négative... Il faudrait observer ces fonctions de plus près. |
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- les fonctions de minéralisation ne sont pas au point. Le N consommé par les légumineux pour leur dégradation |
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est bien trop élevé... Et la minéralisation de matière organique n'est à priori pas sensée en consommer. |
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À creuser... |
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LAST UPDATES (7 mai 2017): |
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* Les fonctions ont été renommées pour les différencier en 3 types : |
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- ASSESS_ : on recherche et on met la liste x.edibleCrops à jour selon les conditions environnementales |
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- SELECT_ : on utilise les résultats des fonctions ASSESS_ pour déterminer les meilleures possibilités |
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- APPLY_ : on applique la sélection des fonctions SELECT_ aux paramètres environementaux du sol (décomposition |
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et nutriments retirés) |
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- UPDATE_ : on applique la sélection des fonctions SELECT_ aux paramètres temporels (GSstart, |
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EndPreviousCrop...) et analytiques (VERIFprodBOT) |
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* RotatMonth a été supprimé et remplacé par GSstart |
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* La fonction d'évaluation de la qualité des WaterResources pour un éventuel CC a été corrigée (gros cambouis) |
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* La fonction d'évaluation de l'impact des CC éligibles sur les nutriments ont été corrigées. Elles agissaient |
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notamment sur x.ActualStand et faisaient directement passer la PRA en déficit de nutriments sans qu'il n'y ait |
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eu de sélection !! |
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LAST UPDATES (6 mai 2017): |
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* Correction de ASSESS_NutrientsMargin : on parlait de x.SelectedCC alors qu'on n'avait même pas encore choisi x.SelectedCrop ! |
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* La fonction update_RotatMonth_and_VERIFprodBOT a été renommée en update_VERIFprodBOT: RotatMonth correspond toujours à GSstart, c'est |
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à dire à l'implantation de chaque nouvelle culture. |
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* RotatMonth a été "stabilisé" à la fin d'un loop, il est égal à x.EndPreviousCrop_earlier. Il est éventuellement |
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mis à jour dans FindOptimalSeedingDate. |
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/!\ de grosses confusions entre GSstart et RotatMonth + EndPreviousCrop_earlier et later PAS AU POINT !!! Faire un |
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schéma complet du modèle avacnt de continuer. |
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LAST UPDATES (5 mai 2017): |
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* le Carbone Organique a été remis en g/kg en utilisant un rapport de proportionnalité entre les données |
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originelles de l'INRA et celles qui avaient été calculées (les données manquantes avaient déjà été calculées... |
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ça évitait de refaire le calcul) |
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* remplacement de la fonction lambda AWC_SoilOnly(PRA) par une "vraie" fonction qui calcule l'Available Water |
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Capacity si elle n'est pas dans la DB (utile pour plus tard, quand les gens importeront leurs données) |
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* création de la fonction OM_retention_capacity(x, PRA): ATTENTION, elle peut être largement simplifiée à l'aide |
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d'un dict, je m'en suis rendue compte à la fin... ---> À FAIRE |
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* modification de la fonction WaterResources pour tenir compte de la Feldkapazität (Available Water Capacity) et |
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du niveau de matière organique dans le sol |
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* les valeurs simulée dans la feuille 'ENVIRONMENT' de input.ods ont été arrondies à 2 décimales pour faciliter/accélérer |
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les calculs et alléger les dicts. |
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+ il manquait un type de sol (pour la PRA '01195') |
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LAST UPDATES (3 mai 2017): |
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* Premiers résultats pour la sélection des cultures selon les données environementales: |
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* correction du compte des 'True' consécutifs pour Tmin et edible_WaterRqt |
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* différenciation des arbres fruitiers et des cultures normales pour le calcul des 'True' consécutifs |
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LAST UPDATES (2 mai 2017): |
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* Correction de la fonction ASSESS_Water pour les cultures permanentes: x.edible_Tmin n'existe pas pour eux ! |
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C'est la liste de la culture précédente qui était prise en compte... |
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* Correction du compte de "True" consécutifs pour voir si ça correspond à GSmin dans les fonctions ASSESS_Water, |
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ASSESS_Tmin_germ et ASSESS_Tmin. |
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* Correction de la première ligne de ASSESS_Tmin_germ qui ne prenait pas les buissons à baies en compte !! |
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* Les docstrings ont été précisées pour faciliter leur compréhension (précision des inputs, outputs et de la |
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fonction de la fonction) |
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LAST UPDATES (27 avril 2017): |
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* la liste 'x.edible' a été supprimée et remplacée par un Boléen qui devient Faux si la culture n'est pas jugée |
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éligible au cours des fonctions de test de concordance entre paramètres environementaux et physiologiques. |
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LAST UPDATES (26 avril 2017): |
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* input.ods ne contient plus de case vide pour les variables et cultures utilisés dans le script. |
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* inputFR a été mis à jour |
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LAST UPDATES (23 avril 2017): |
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* VegAu tourne jusqu'à la fonction ASSESS_PRArotation(x, data), mais AUCUN 'EDIBLE CROP' pour AUCUNE PRA !!! |
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--> trouver d'où vient le soucis |
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--> déboggage de la suite impossible tant qu'il n'y a aucune culture sélectionnée |
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LAST UPDATES (22 avril 2017): |
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* la classe 'i' a été renommée 'data' pour éviter les erreurs avec les trop nombreuses variables 'i' qui |
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écraseraient la classe |
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* Addition de paramètres manquants, qui différaient entre la définition et l'appel.p |
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LAST UPDATES (21 avril 2017): |
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* class 'self' renamed as 'x' to avoid errors |
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LAST UPDATES (20 avril 2017): |
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* input a été réimporté: input.ods et le script d'import ont été corrigé (l'import n'était pas complet) |
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LAST UPDATES (24 mars 2017): |
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* Les données de Canada Santé ont été importées proprement sous la forme d'un dictionnaire unique 'CanadaHealth' |
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(dans 'CanadaHealth.py') qui permet d'appeler les variables désirées sous la forme suivante: |
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Canada_Health[ élément nutritif ][ genre ][ classe d'âge ] |
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EXEMPLE: |
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* élément nutritif:'Vitamine E (BME, mg/jour)' |
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---> toujours préciser le nom de l'élément et le type d'index nutritionnel à prendre en compte. |
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L'unité n'est pas toujours disponible. |
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* genre : Nourissons, Enfants, Hommes, Femmes |
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* classe d'âge (exemple pour les adultes) : * '51-70 ans' |
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* '> 70 ans' |
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* '31-50 ans' |
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* '9-13 ans' |
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* '19-30 ans' |
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* '14-18 ans' |
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* 'step1', 'step2', 'step3', 'VegAu' et 'selfVariables' été fusionnés dans VegAu2 pour éviter les soucis d'import. |
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Les fichiers séparés ont été copiés dans le dossier 'step1, 2, 3 et VegAu séparés' |
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LAST UPDATES (23 mars 2017): |
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* recopiage des tableaux de Canada Santé: reste à les convertir proprement en dict et à fusionner le contenu des |
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différents tableaux de macronutriments et "d'éléments". |
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* problème de variable importée non reconnu résolu pour 'environment' mais lambda de 'ImportedVariables' non |
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reconnue non-plus... |
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LAST UPDATES (22 mars 2017): |
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* debugging général |
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* OBSERVATION : la fonction "Functions_step1.py" n'est plus utilisée nul part |
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Elle prend en compte l'espace de temps entre seed_from et seed_to. Je ne sais plus pourquoi je ne l'utilise plus, |
||||
mais il est vrai que GSmax est plus sûr/juste à priori. |
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* correction des fonctions WRmargin_GSmax(month) et WRmargin_GSmin(month) |
||||
* on faisait une boucle while pour déterminer une variable i "déterminable" par une simple équation... |
||||
* pas de valeur pour WaterRessources > 90% ETc_GSmax(month) |
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---> le résultat était toujours égal à 1 !! --> (ETc_effective - TOLERdrought(crop))/(ETc_GSmax(month) - TOLERdrought(crop)) |
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LAST UPDATES (21 mars 2017): |
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* élimination totale des globales |
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* toutes les variables self.X sont dans le fichier 'selfVariables.py', pour l'instant pas très bien rangées... |
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leur utilisation n'a pas toujours été vérifiée |
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LAST UPDATES (20 mars 2017): |
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* Suppression totale de l'interaction avec LibreOffice pendant le script |
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---> code entièrement revisité avec des dictionnaires, notamment ceux importés lors de l'import du module importingODS. |
||||
---> code VÉRIFIÉ : il ne reste normalement plus de trace d'une interaction avec LibreOffice... |
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||||
* 'importingODS.py' a été vérifié et optimisé ('importingODS_simplifié.py') ---> UNE SEULE FONCTION qui s'occupe de TOUS LES DICOS |
||||
ATTENTION : 'importingODS.py' a été vérifié mais pas 'importingODS_simplifié.py' (bug du pont uno...) |
||||
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||||
* à présent, SEUL 'importingODS.py' FAIT APPEL À PYOO !!! |
||||
IMPORTANT : une ligne avec subprocess a été ajoutée pour ouvrir l'instance de LibreOffice automatiquement. |
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||||
* 'exporting_in_ODS.py' a été créé : imports commentés (si pas d'erreur, à virer) |
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||||
* Fonctions de calcul des marges de minéraux DRASTIQUEMENT SIMPLIFIÉES |
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-----> une sous-fonction (pour ASSESS_Nutrients_CompanionCrop_for_SelectedCrop) |
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voir PLUS DU TOUT (pour ASSESS_self.NutrientsMargin) à la place de neuf sous-fonctions (un pour chaque minéral) ! |
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LAST UPDATES (19 mars 2017): |
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* les IDs des types de sols allemands ont été mis à jours dans ENVIRONMENT |
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* des titres complets ont été ajoutés à 'ENVIRONMENT' avant l'import en .py |
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* 'PLANTS', 'ENVIRONMENT', 'NUTRITION', PRAvirgin' ET 'NUTRITIONvirgin' ont été importés en fichier python (input.py) |
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* les lambdas qui donnaient les valeurs du tableur ont été adaptées pour renvoyer celles des dico (normalement c'est pareil) |
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* ajout, dans les fonctions de VegAu, de lignes permettant l'ajout des indices de priorité et d'adaptation à 'plants' |
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* de façon générale, le code a été simplifié avec suppression des valeurs globales superflues |
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* ajout de delete_module.py pour me faciliter la tâche pour les tests --> permet de "dé-importer" un module grâce à: |
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delete_module('module') |
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LAST UPDATES (18 mars 2017): |
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* script adapté pour être agréable à la lecture |
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* script corrigé : |
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* fonctions fausses (Nutrient Margin Assessement for CC) |
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* fonctions manquantes (SelectedCC_Kill) |
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* script d'importation du fichier ODS a été écrit puis corrigé: |
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* les dico environment et plants ont en clé: |
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* "headers" pour les titres |
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* les ID des cultures (pour 'plants') et PRA (pour 'environment') |
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* des clés spéciales pour leurs indices dans le tableur: |
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* PRA_index pour la ligne de la PRA dans ENVIRONMENT |
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* CROP_index pour la ligne de la culture dans PLANTS (= CROProw) |
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* colIndex_PRAedibility pour CROPcol |
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* colIndex_PRAyields pour CROPcol_yields |
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LAST UPDATES (17 mars 2017): |
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* 'ENVIRONMENT' dans 'input.ods' a été complété et formaté |
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ATTENTION, il reste des trous !!! ponctuels, mais il en reste ! |
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* création des cartes comparatives pour voir la répartition et part des valeurs manquantes à l'échelle de la France (voir l'impact du script en fait) |
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--> données de sol, pas encore de cartes pour le climat |
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@ -0,0 +1,124 @@
@@ -0,0 +1,124 @@
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#!/usr/bin/python3.4 |
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# -*-coding:Utf-8 -* |
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# # |
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# CUSTOM EXCEPTIONS # |
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# # |
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class Delay(Exception): |
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pass |
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class ColdSeason(Exception): |
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pass |
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class DrySeason(Exception): |
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pass |
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class NoNutrients(Exception): |
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pass |
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class TenYears(Exception): |
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pass |
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class LastCropsCC(Exception): |
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pass |
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# # |
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# KEY OBJECTS OF THE PROGRAMM # |
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# # |
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class x: |
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#== COMMON VARIABLES: |
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results = {} |
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dietary_results = {} |
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#== FROM STEP 1: |
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all_crop_parameters_match_the_PRA_ones = True |
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TOLERdrought = 0 |
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TOLERflood = 0 |
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edible_Tmin = [] |
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edibleCropsID = {} |
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edibleCropsEN = {} |
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edibleCropsFR = {} |
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edibleCropsDE = {} |
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#======================================================= |
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#== FROM STEP2: |
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#------------------------------------------------------- |
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#-- Selection variables : |
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edibleCrops = [] |
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edibleCrops_init = [] |
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edibleCompanionCrops = {} |
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laterCrops = {} |
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# -------------------------------------- |
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indexDelay = {} # before : DelayIndex |
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indexPnD = {} # before : edibleCropsPnD |
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indexWR = {} # before : edibleCropsWR |
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indexNutrients = {} # before : NutrientsMargin |
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# -------------------------------------- |
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CCwater = {} # before : CCedibility. Dictionary from ASSESS_Water_CompanionCrop... with the different nutrients margins |
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# ---> used if the selected Companion Crop needs more nutrients than the soil can provide. |
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# -------------------------------------- |
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SelectedCrop = None |
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SelectedCC = None |
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PreviouslySelectedCrop = None |
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# ------------------------------------------------------- |
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# -- Temporal variables |
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GSstart = 0 |
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EndPreviousCrop_earlier = 0 |
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EndPreviousCrop_later = 0 |
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#------------------------------------------------------- |
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#-- Analytical variables |
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# Territorial repartition |
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prodSURFACE = {} |
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ActualStand = {} |
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mapsPreparation = {} |
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# Limiting Factors (lack of nutrients, pests and diseases) |
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LimitingFactor = {} |
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LimitingFactor_crops = {} |
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PestsDiseases_in_rotation = {} |
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VERIFprodBOT = {} |
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rotation_length = {} |
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# Yields |
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totalYields = {} |
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# Rotations analysis |
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rotat = {} |
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representativity = {} |
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CHOICE = {} |
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# --> for each PRA, CHOICE must give back the **list** that has been chosen to chose the Selected Crop |
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# It allow to see how the crops choice occurs. |
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# The format of an occurence looks like : (dictionnary name, length of the dict) |
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#------------------------------------------------------- |
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#-- Coordination variables |
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LimitingFactorReached = False |
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no_delay_because_of_T_or_water = True |
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decomposition_month = {} |
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#======================================================= |
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#== FROM STEP 3: (cf Functions_step3) |
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TotalNutrients = {} |
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WeeklyResources = {} |
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